Ο στόχος του χειρουργείου είναι να απομακρυνθεί πλήρως ο όγκος. Εάν ο όγκος εντοπίζεται στο κεφάλι του παγκρέατος χωρίς διήθηση της ουράς του τότε αφαιρείται μόνο το πάσχων τμήμα του οργάνου. Ο καρκίνος του παγκρέατος συχνά διηθεί στους γύρω λεμφαδένες, έτσι είναι απαραίτητη η αφαίρεση αυτών επιπλέον. Δεδομένου ότι το πάγκρεας είναι σε στενή επαφή με το δωδεκαδάκτυλο, το δωδεκαδάκτυλο απομακρύνεται επίσης. Η χοληδόχος κύστη πρέπει επίσης να αφαιρεθεί έτσι ώστε να γίνει η αποκατάσταση των χοληφόρων. Εάν είναι δυνατόν, το στομάχι διατηρείται πλήρως μαζί με τον πυλωρό . Μερικές φορές λόγω της θέσης και του μεγέθους του όγκου, μέρος του στομάχου πρέπει να αφαιρεθεί (κλασικό χειρουργείο Whipple).

Κατά τη διάρκεια του χειρουργείου ο όγκος αφαιρείται μαζί με τον περιβάλλοντα ιστό. Αυτή η διαδικασία εμποδίζει τη διάνοιξη του όγκου με διασπορά καρκινικών κυττάρων. Μετά την αφαίρεση (εκτομή), το λεπτό έντερο ράβεται στο απομένων πάγκρεας έτσι ώστε οι πεπτικοί χυμοί να μπορούν να ρέουν πίσω στο λεπτό έντερο. Το λεπτό έντερο συνδέεται επίσης με τον κοινό ηπατικό πόρο, έτσι ώστε η χολή να μπορεί να παροχετεύεται, και τέλος το στομάχι συνδέεται με το λεπτό έντερο έτσι ώστε να μπορεί να γίνεται η διέλευση της τροφής. Στο τέλος του χειρουργείου, εύκαμπτοι σωλήνες παροχέτευσης εισάγονται στη κοιλία και το κοιλιακό τοίχωμα ράβεται. Μέσω αυτών των σωλήνων παροχέτευσης μπορούν να εξαχθούν χρήσιμα συμπεράσματα σχετικά με τη διαδικασία επούλωσης. Επιπλέον ένας σωλήνας τοποθετείται μέσω της μύτης στο στομάχι. 

Μετά το χειρουργείο, επιβάλλεται η παρακολούθηση στη μονάδα εντατικής θεραπείας. Μόλις καταστεί δυνατό γίνεται η επιστροφή στον κανονικό θάλαμο, οι αναλύσεις αίματος διενεργούνται τακτικά, επιπλέον, το υγρό απο τους σωλήνες παροχέτευσης αξιολογείται στις καθημερινές επισκέψεις και αυτοί αφαιρούνται όταν η επούλωση είναι ικανοποιητική. Η έναρξη της απο του στόματος σίτισης γίνεται σταδιακά ενώ τις πρώτες μέρες η πρόσληψη θερμίδων γίνεται μέσω ενδοφλέβιων διαλυμάτων.